变体的分类

开云体育app下载官网贝勒遗传学批准标准贴上“(BG)”

1。标准分类致病性变异

本节基于“表3。2015 ACMG致病性变异”的划分标准的指导方针。

笔记(BG)

• 避免应用两次类似的证据:例如PS2和PM6(新创标准)不能调用变异的病人;如果所有证据的文学被认为和统计和相关标准调用,然后PP5或BP6不能再次调用作为额外的证据。
• 判据可以“升级”、“降级”基于证据的强度使用实验室主任的专业判断。建议BMGL分类:“最后CLASSIFICATION_ORIGINAL准则”,例如PM_PS3(即一个证据认为使用PS3是下调点作为最终分类)。

很强的致病性的证据

PVS1零变体(废话,转移,规范+ / 1或2接头地点,起始密码子,单或multi-exon删除)在基因功能丧失(LOF)是一个已知的疾病的机制。

警告:

• 当心LOF不是一个已知的疾病的基因机制(例如GFAP、MYH7)。
• 使用谨慎解读LOF极端3 '末端的变异基因。
• (BG):第一个和最后一个外显子的变化将在分析auto-alerted管道和案例的基础上考虑。
• 使用谨慎,预计将导致外显子拼接变异不但是把剩余的蛋白质完好无损。
• 使用谨慎的多个记录。
• (BG):接头地点,改变应该影响不变的GT / AG(+ / - 1或2的位置)对U2内含子序列。
• (BG):起始密码子可能没有资格作为一个真正的致病变种如果还有另一个下游蛋氨酸和关闭。分类应该视情况而定。

强有力的证据的致病性

PS1
相同的氨基酸变化先前建立致病变种不管核苷酸的变化。
例子:Val - > G > C或造成的低浓缩铀G > T在相同的密码子。
警告:当心变化影响剪接而不是氨基酸或蛋白质水平。

PS2
新创产妇及其丈夫(确认)患者的疾病,没有家族病史。
注:确认亲子鉴定仅是不够的。卵子捐赠,代孕,胚胎移植中的错误等可以促进nonmaternity。
备注(BG):使用该规则的广告,和x染色体相关疾病或线粒体疾病。基于“增大化现实”技术的障碍,量子化学也应该被考虑。

PS3
完善的在体外或在活的有机体内功能研究支持在基因或基因产物产生破坏性的影响。*
注意:功能研究验证和证明是可再生的和健壮的在临床诊断实验室环境中被认为是最完善的。
* (BG):酶研究患者样本不一定连接一个特定的变化与生化结果。诱变研究可能需要。报告为载体,应该只考虑完善的临床试验已证实的值作为有效的功能性研究。

PS4
的流行影响个体的变异显著增加患病率相比在控制。
注1:相对危险度(RR)或比值比(或),从病例对照研究,> 5.0和周围的置信区间估计的RR或不包括1.0。看到手稿的详细指导。
注2:在病例对照研究的实例非常罕见的变异可能不具备统计学意义,之前观察多个不相关的变量的相同的表型,患者及其缺乏控制,可用作适度的证据。

PS5
在父母(BG):镶嵌性广告或x染色体疾病。

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(BG):≥2独立出现PM6(假定新创,但没有确认亲子鉴定、生育),从内部和/或发表的数据。

PS7
(BG):≥2独立出现PM7 (PVS1变异的基因删除变体或大型删除以前发表在一个病人)从内部和/或发表的数据。

PS8
(BG):在坐标系单一外显子跳过或删除结果总值在坐标系单一外显子缺失已知函数的域。

温和的致病性的证据

PM1
位于一个突变热点和/或关键的和完善的功能域(例如一种酶的活性部位)不良性的变化。

PM2
缺席控制在极低频率(或如果隐性)(见表6)外显子组测序项目,1000基因组或ExAC。
警告:人口数据indels称为下一代测序可能不太好。
备注(BG):人口可以使用特定的数据。

量子化学
隐性障碍,发现反式致病变种。
注意:这需要测试的父母(或子女)来确定阶开云体育六合彩段。

PM4
蛋白质长度变化由于在坐标系删除/插入non-repeat地区或止损变体。

PM5
小说错义变化一个氨基酸残基,另一个错义变化确定为致病已经见过。
例如:Arg156His致病性;现在你观察Arg156Cys。
警告:当心变化影响剪接而不是氨基酸或蛋白质水平。

PM6
假定新创,但没有确认亲子鉴定和孕妇。

PM7
(BG): PVS1变体基因中删除变体或大型删除以前报道的病人。

PM8
(BG):小在坐标系变化,位于地区类似在坐标系改变(s)以前报道病人(s)。

证据的致病性

PP1
Co-segregation基因与疾病影响的多个家庭成员明确导致疾病。
注意:可能与增加隔离数据作为有力的证据。

PP2
无义的基因变体,良性的错义变异率低和错义变异是一种常见的疾病的机制。

很少出现
多行计算的证据支持一个有害的影响基因或基因产物(保护、进化、拼接的影响等)。
注意:尽可能多的计算机算法使用相同或非常相似的输入进行预测,每个算法不应算作一个独立的标准。项目只可以使用一次在任何评价的一个变种。

备注(BG):当前共识研究会网站是“要么全部要么没有”:应用此规则如果所有预测程序用于实验室支持变体是“有害的”或“良性的”。如果有冲突的预测,然后不调用这一标准。

PP4
患者的表型或家族史是非常具体的疾病与单个遗传病因。

PP5
著名来源最近报道变异致病,但可用的证据不是实验室进行独立评估。
备注(BG):只调用时没有考虑新的证据从源,其他评价标准在变体。

2。标准分类良性变异

本节基于“表4。2015 ACMG良性变异”的划分标准的指导方针。

独立的良性影响的证据

BA1
等位基因频率在5%以上的外显子组测序项目,1000个基因组,或ExAC。
备注(BG):人口可以使用特定的数据。

强有力的证据的良性影响

BS1
等位基因频率大于预期的障碍(见表6)。
备注(BG):人口可以使用特定的数据。

BS2
观察到在一个健康的成年个体的隐性纯合子,主导(杂合的),或x连锁(半合)障碍与完整的外显率预期在早期。
备注(BG):每玩cs游戏的人,是不愿应用BS1和BS2基于相同的数据集。例如如果BS1应用基于ExAC数据,其他数据(如父母的数据)优先使用如果BS2应用。

BS3
完善的体外或体内功能研究显示没有破坏性影响蛋白质功能或拼接。

BS4
缺乏隔离影响一个家庭的成员。
警告:拟表型的存在为常见的表型(如癌症、癫痫)可以模拟缺乏影响个体之间的隔离。此外,家庭可能会有多个致病变种导致一种常染色体显性遗传疾病,进一步混淆一个明显缺乏隔离。

证据的良性影响

BP1
错义变异的基因,主要是删除变异引起疾病。

BP2
中观察到反式完全渗透显性基因的致病变种/障碍;或观察到在独联体致病性变异遗传模式。

BP3
在坐标系删除/插入一个重复的地区没有已知函数。

BP4
多行计算的证据表明不影响基因或基因产物(保护、进化、拼接的影响等)。
注意:尽可能多的计算机算法使用相同或非常相似的输入进行预测,每个算法不能算作一个独立。
标准。BP4只可以使用一次在任何评价的一个变种。
备注(BG):当前共识研究会网站是“要么全部要么没有”:应用此规则如果所有预测程序用于实验室支持变体是“有害的”或“良性的”。如果有冲突的预测,然后不调用这一标准。

BP5
变体中发现的另一种疾病的分子基础。

BP6
著名来源最近报道变体良性,但可用的证据不是实验室进行独立评估。
备注(BG):只调用时没有考虑新的证据从源,其他评价标准在变体。

BP7
同义词(沉默)变体的拼接预测算法预测没有影响拼接共识序列或创建一个新的接头网站和核苷酸不是高度保守的。

3所示。结合标准规则

本节基于“表5。2015 ACMG规则结合标准”的指导方针。

致病性

1。很强的(PVS1)和

• ≥1强(PS1 PS4应承担的)或
• ≥2温和(PM1 PM6应承担的)或
• 中度(PM1 PM6应承担)和1支持(PP1 PP5应承担的)或
• ≥2支持(PP1 PP5应承担的)

2。≥2强(PS1 PS4应承担的)或

3所示。1强(PS1 PS4应承担的)和

• ≥3中度(PM1 PM6应承担的)或
• 2中等(PM1 PM6应承担)和≥2支持(PP1 PP5应承担的)或
• 1温和(PM1 PM6应承担)和≥4支持(PP1 PP5应承担的)

可能的致病

1。很强(PVS1)和1温和(PM1 PM6应承担的)或
2。1强(PS1 PS4应承担)和1 2温和(PM1 PM6应承担的)或
3所示。1强(PS1 PS4应承担)和≥2支持(PP1 PP5应承担的)或
4所示。≥3中度(PM1 PM6应承担的)或
5。2中等(PM1 PM6应承担)和≥2支持(PP1 PP5应承担的)或
6。1温和(PM1 PM6应承担)和≥4支持(PP1 PP5应承担的)

良性的

1。1独自站列车(BA1)或
2。≥2强(BS1 BS4应承担的)

可能良性

1。1强(BS1 BS4应承担)和支持(BP1 BP7应承担的)或
2。≥2支持(BP1-BP7)

*变异应该归类为不确定的意义如果达不到其他标准或良性和致病性的标准是相互矛盾的。